Green Business Club Nederland staat onder toezicht van het bestuur, waar binnen partners vertegenwoordigd zijn. In de dagelijkse praktijk geeft de uitvoeringsorganisatie invulling aan het programma. Daarnaast voorziet de Raad van Advies de stichting gevraagd en ongevraagd van kennis en kunde.

GBC Nederland is verantwoordelijke voor de uitrol van nieuwe lokale GBC’s en biedt ondersteuning aan bestaande GBC’s. Daarnaast organiseert zij een aantal keer per jaar bijeenkomsten voor de programmamanagers van lokale GBC’s en andere landelijke bijeenkomsten waarbij het delen van lokale kennis centraal staat.